Linux开机自启动脚本存放在/etc/rc.d或/etc/init.d目录下。这些目录是Linux系统中用于存放启动脚本的标准目录。具体而言，/etc/rc.d目录是Red Hat系列发行版使用的目录，而/etc/init.d目录是Debian系列发行版使用的目录。

在这些目录中，你可以找到各种以.sh或无后缀的脚本文件。这些脚本文件定义了在系统启动过程中需要执行的命令和任务。

要将脚本设置为开机自启动，需要在/etc/rc.d或/etc/init.d目录下创建一个符号链接（symbolic link），将脚本链接到相应的运行级别（runlevel）目录中。运行级别目录通常位于/etc/rc.d/rcX.d或/etc/rcX.d，其中X是运行级别的数字。

运行级别是系统在不同状态下的操作模式。常见的运行级别包括0（关机）、1（单用户模式）、2（多用户模式，没有网络服务）、3（多用户模式，有网络服务）、5（图形界面模式）等。

在运行级别目录中，以字母S或K开头的脚本文件表示启动或停止服务。S开头的脚本文件在相应运行级别启动时被执行，K开头的脚本文件在相应运行级别停止时被执行。这些脚本文件的命名规则是Snnname或Knnname，其中nn是一个两位数字，表示脚本的执行顺序，name是脚本的名称。

例如，如果你的脚本文件是myscript.sh，你可以在/etc/rc.d或/etc/init.d目录下创建一个符号链接来启动它。假设你希望在运行级别3启动该脚本，你可以执行以下命令：

ln -s /etc/init.d/myscript.sh /etc/rc.d/rc3.d/S99myscript

这将在/etc/rc.d/rc3.d目录下创建一个名为S99myscript的符号链接，指向/etc/init.d/myscript.sh。当系统进入运行级别3时，S99myscript将被执行，从而启动你的脚本。

同样，如果你希望在运行级别3停止该脚本，你可以执行以下命令：

ln -s /etc/init.d/myscript.sh /etc/rc.d/rc3.d/K01myscript

这将在/etc/rc.d/rc3.d目录下创建一个名为K01myscript的符号链接，指向/etc/init.d/myscript.sh。当系统离开运行级别3时，K01myscript将被执行，从而停止你的脚本。

需要注意的是，为了使脚本能够在系统启动和关闭时正确执行，你需要确保脚本具有可执行权限。可以使用chmod命令为脚本添加执行权限，例如：

chmod +x /etc/init.d/myscript.sh

这样，你的脚本就会在Linux系统启动时自动执行了。